1. Badan Penyelenggara Perguruan Tinggi Muhammadiyah
Badan Penyelenggara Perguruan Tinggi Muhammadiyah merupakan Majelis Pendidikan Tinggi Litbang yang membantu PP Muhammdiyah dalam menetapkan ketentuan tentang pelaksanaan kebijakan PP Muhammdiyah dalam penyelenggaraan Perguruan Tinggi Muhammdiyah, sebagaimana disebutkan dalam Pasal 6 Pedoman PP Muhammadiyah Nomor 02/PED/I.0/B/2012 tentang Perguruan Tinggi Muhammadiyah.
2. Badan Pembina Harian
Badan Pembina Harian merupakan perwakilan dari PP Muhammadiyah yang melaksanakan tugas: 1) memberi arah dan pertimbangan kepada Pimpinan UMM dalam pengelolaan UMM; 2) Bersama pimpinan UMM menyusun Rencana Anggaran Pendapatan dan Belanja Tahunan; 3) Bersama pimpinan UMM dan Senat menyusun RIP dan Statuta; 4) Membuat laporan kepada PP Muhammadiyah. Badan Pembina Harian memiliki kewenangan untukmengangkat dan memberhentikan dosen dan tenaga kependidikan tetap Persyarikatan atas usul Pimpinan UMM, melaksanakan pembinaan dan pengawasan penyelenggaraan UMM, dan melakukan pembinaan dan pengembangan Al-Islam dan Kemuhammadiyahan di UMM. Mengenai susunan keanggotaan, pengangkatan, masa jabatan, dan pemberhentian Badan Pembina Harian mengacu pada Pasal 7 Pedoman PP Muhammadiyah Nomor 02/PED/I.0/B/2012 tentang Perguruan Tinggi Muhammadiyah.
3. Senat Universitas
Senat Universitas merupakan Badan Normatif dan Badan Perwakilan Tertinggi di UMM sebagai unsur penyusun kebijakan yang menjalankan fungsi penetapan dan pertimbangan kebijakanakademik, serta dalam menjalankan tugas pokoknya berlandaskan pada prinsip dan ideologi Muhammadiyah. Mengenai keanggotaan tugas, fungsi dan wewenang diatur dalam StatutaUMM.
4. Pimpinan UMM
Pimpinan Tertinggi UMM terdiri dari Rektor yang dibantu oleh Wakil Rektor I, II, III, IV dan V yang memiliki fungsi menetapkan kebijakan dalam pengelolaanUMM serta memegang wewenang dan penanggung jawab utama dalam pengambilan keputusan universitas. Rektor bertanggung jawab pada Majelis Pendidikan Tinggi dan Penelitian dan Pengembangan PP Muhammadiyah. Pelaksanaan tugas Rektor dibantu oleh Wakil Rektor I yang bertanggung jawab pada Bidang Pendidikan, Pengajaran dan Teknologi, Wakil Rektor II bertanggung jawab pada Bidang Umum dan Keuangan, Wakil Rektor III bertanggung jawan pada Bidang Kemahasiswaan dan Alumni dan Wakil Rektor IV bertanggung jawab pada Bidang Riset, Pengabdian dan Kerjasama, Wakil Rektor II bertanggung jawab pada Bidang pembinaan AIK dan pengembangan SDM.
5. Senat Fakultas
Senat Universitas merupakan Badan Normatif dan Badan Perwakilan Tertinggi di Fakultas sebagai unsur penyusun kebijakan yang menjalankan fungsi penetapan dan pertimbangan kebijakanakademik, serta dalam menjalankan tugas pokoknya berlandaskan pada prinsip dan ideologi Muhammadiyah. Mengenai keanggotaan tugas, fungsi dan wewenang diatur dalam Statuta UMM.