Prof. Drs. H. Sofyan Aman, S.H. (1964-1968)
Sebagai rektor pertama UMM, Prof. Sofyan memimpin universitas pada masa awal pendiriannya. Saat itu, UMM masih merupakan cabang dari Universitas Muhammadiyah Jakarta (UMJ). Di bawah kepemimpinannya, UMM memiliki tiga fakultas: Fakultas Hukum (FH), Fakultas Ekonomi (FE), dan Fakultas Keguruan & Ilmu Pendidikan (FKIP), serta satu jurusan Ilmu Agama yang merupakan cabang dari Fakultas Agama Islam (FAI) UMJ. Pada akhir masa jabatannya di tahun 1968, UMM resmi berdiri sendiri, terpisah dari UMJ, menandai fase awal kemandirian universitas ini.
Prof. Drs. H. Masjfuk Zuhdi (1968-1978)
Melanjutkan tongkat kepemimpinan, Prof. Masjfuk Zuhdi mengembangkan UMM lebih jauh dengan mengokohkan keberadaannya sebagai universitas yang mandiri. Meskipun detail perkembangan spesifik pada masanya tidak banyak tercatat, masa jabatannya merupakan masa konsolidasi di mana universitas berupaya memperkuat posisi dan visinya sebagai salah satu perguruan tinggi Muhammadiyah yang penting.
Prof. H. Moh. Kasiram, M.Sc. (1978-1983)
Di bawah kepemimpinan Prof. Moh. Kasiram, UMM mulai melebarkan sayapnya dalam hal pengembangan akademis dan infrastruktur. Ia memimpin pada masa transisi, di mana universitas mulai bergerak ke arah ekspansi dengan visi akademik yang lebih kuat.
Prof. Dr. H. Abdul Malik Fadjar, M.Sc. (1983-2000)
Pada masa jabatan Prof. Malik Fadjar, UMM mengalami perkembangan pesat. Tahun 1983 menjadi momen penting dengan mulai digunakannya Kampus 2 UMM. Pada tahun 1987, jumlah fakultas di UMM bertambah menjadi delapan. Lalu pada tahun 1991, Kampus 3 UMM mulai ditempati oleh Fakultas Pertanian, yang merupakan fakultas pertama yang pindah ke kampus baru. Pada tahun 1993, UMM membuka Program Pascasarjana dengan dimulainya Magister Manajemen. Masa kepemimpinan Prof. Malik menandai era penting dalam pertumbuhan fisik dan akademik UMM.
Prof. Dr. H. Muhadjir Effendy, M.A.P. (2000-2016)
Pada masa jabatan Prof. Muhadjir, UMM terus berkembang secara signifikan. Pada tahun 2002, jumlah fakultas bertambah menjadi sepuluh. UMM juga memperluas program pascasarjana dengan menambah Program Magister Hukum, Agribisnis, dan Pengembangan Kebijakan pada tahun 2004. Kemajuan yang signifikan juga terjadi pada sektor non-akademik, seperti pendirian Profit Center, Pusat Pengembangan Energi, Rusunawa, serta pembangunan Teaching Hospital. Pada tahun 2013, UMM menjadi kampus swasta pertama di Jawa Timur yang meraih akreditasi A dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT).
Prof. Dr. H. Fauzan, M.Pd. (2016-2024)
Di bawah kepemimpinan Prof. Fauzan, UMM meraih berbagai prestasi besar. Pada tahun 2021, UMM dinobatkan sebagai Kampus Islam Terbaik di Dunia versi UniRank. Selain itu, pada tahun yang sama, UMM juga berhasil mempertahankan akreditasi unggul / A dari BAN-PT. Kepemimpinan Prof. Fauzan berfokus pada peningkatan kualitas akademik dan reputasi internasional UMM.
Prof. Dr. Nazaruddin Malik, S.E., M.Si. (2024-2028)
Prof. Nazaruddin baru saja memulai masa jabatannya sebagai rektor pada tahun 2024. Beliau mewarisi warisan UMM yang kuat dan diharapkan akan melanjutkan pengembangan dan inovasi yang telah dirintis oleh para pendahulunya. Masa jabatan ini diperkirakan akan berfokus pada peningkatan teknologi, kualitas pendidikan, dan daya saing internasional.